以前、Final Cut Pro Xがバージョンアップした時に、PDFマニュアルと共に登場したiBooks版は英語版のみでしたが、日本語版がこの度登場していました(タイミングがいつだったのか不明)。FCPXに限らずMotion、Compressorの日本語iBooksマニュアルも登場しています。日本のApple FCPXサイトからはリンクがなかったので、すぐには気付きませんでした。

iBooksアプリ内から検索するか、下記リンクを開いて下さい。

Final Cut Pro X ユーザーガイド

Motion ユーザーガイド

Compressor ユーザーガイド

なお、PDF版は配布されおらず、オンラインマニュアルのみです。
知らない間ではありましたが、日本語版のiBooksマニュアルが出てきた事は嬉しいですね。