Appleのサポートを見ていたら
QuickTime Player がサポートするメディア形式
というページがあり、ここを見ていたら興味深い事が書いてありました。

一部の古いメディア形式および他社製コーデックコンポーネントを必要とするメディア形式を OS X Mavericks で開くと、H.264 または Apple ProRes のどちらかに変換されます。

なんと、びっくり。
そして、こうも書いてあります。

このような古いメディア形式は、変換せずに QuickTime Player 7 を使って再生することができます。

Mavericksからは、QT周りのAPIが大幅に変わってAVKit / AV Foundationに移行したことの影響が大きいのだと思います。

追加でコーデックをインストールすれば、再生/書き出し出来るオプションが増えます。
サポートするメディア形式を QuickTime に追加する

少しずつQT周りも仕様が変化していっています。
一般的なコーデックだからと気にしなかったりすると、気付かないうちに仕様が変更されている可能性があるので、時々これらの基本回りも確認しておきたいですね。